オミクロン株について（南アフリカ共和国国立感染研究所）
今一度オミクロン株についておさらいしてみようと思う。南アフリカ共和国の国立感染研究所では、オミクロン株についてFAQを掲載している。
南アフリカにおけるB.1.1.529変異のあるSARS-COV-2の系統について
(2021/11/26)
DeepLでの翻訳は以下の通り：
南アフリカにおけるゲノミクス・サーベイランス・ネットワーク（NGS-SA、www.ngs-sa. org）は、国立感染症研究所（NICD）、クワズールー・ナタール大学（UKZN）のKRISP、ケープタウン大学（UCT）、ステレンボッシュ大学（SUN）、フリーステート大学（UFS）、プレトリア大学、ウィットウォーターズランド大学（WITS）、国立衛生研究所サービス（NHLS）などで構成されており、2020年3月からCOVID-19の原因ウイルスであるSARS-CoV-2の変化を監視しています。
B.1.1.529の系統とは？
2021年11月22日、南アフリカで「B.1.1.529系統」と名付けられた関連するSARS-CoV-2ウイルス群を検出しました。B.1.1.529はハウテン州で比較的高い頻度で検出されており、2021年11月14日～23日に採取された検体から配列決定されたゲノム（n =71）の70%以上がこの系統に属しています。この系統には、他のSARS-CoV-2の注目変異体（VOI）や懸念変異体（VOC）で以前に見られた変異が多く含まれていますが、その他にも新規の変異があります。これらの変異のうち1つは、S遺伝子を標的とした標準的な診断テストで検出できるため、南アフリカではシーケンスデータがなくてもこの系統の検出が可能です。
世界保健機関（WHO）と南アフリカ共和国国家保健省は、今週初めにこの系統について警告を受けました。NGS-SAでは、この系統の頻度を継続的に監視しており、これらの変異の機能的影響を評価するための実験室試験が進行中です。これまでのところ、このウイルスはWHOのVOCおよびVOIの基準を満たしていません。この点については、特にウイルスが普及してデータが蓄積されるにつれて再検討する予定です。
C.1.2、Beta、Deltaの各変異体は、B.1.1.529系統とどのように違うのですか？
B.1.1.529系統は、C.1.2、Beta、Delta系統といくつかの共通する変異を持っていますが、さらにいくつかの追加変異も持っています。現時点では、B.1.1.529系統はC.1.2、Beta、Deltaとは相対的に異なる系統であり、異なる進化経路を辿っています。
B.1.1.529に感染すると、他の亜種と同じような症状が出ますか？
現在のところ、B.1.1.529に感染しても異常な症状は報告されておらず、他の変異株と同様に、無症状の人もいます。
どのような影響がありますか？これらの変異は、ワクチンの効果、病気の重症度、感染性に影響を与えるのでしょうか？
SARS-CoV-2は、他のウイルスと同様、時間とともに変化し、最近の感染では、ウイルスに何らかの利点をもたらす変異が選択されています。B.1.1.529系統の変異のいくつかは、懸念されている他のSARS-CoV-2の変異体や注目されている変異体でも生じていますが、我々はこの系統を理解するためにさらにデータを集める一方で、その影響については慎重になっています。
すでに実験室でB.1.1.529の免疫逃避の可能性を調べる作業が行われています。また、B.1.1.529による入院や転帰をリアルタイムでモニターするシステムを構築しています。B.1.1.529の変異に関する我々の理解によれば、部分的な免疫逃避の可能性はありますが、ワクチンによって入院や死亡を高いレベルで防ぐことができると考えられます。
ウイルスが拡散している場所では、今後も新たな変異体が出現することが予想されます。ワクチンの接種は、入院や死亡のリスクが高い地域の人々を保護し、医療システムへの負担を軽減し、感染を遅らせるために、引き続き重要です。そのため、国民の皆様には、引き続き警戒を怠らず、COVID-19プロトコルに従っていただきたいと思います。具体的には、共有スペースでは換気を良くし、マスク（鼻、口、あごを覆うもの）を着用し、他人から1.5m離れた場所にいること、手や表面を定期的に洗い、他人から1.5m離れた場所にいることなどです。これらの非医薬品的介入（NPI）は、すべてのSARS-CoV-2ウイルスの拡散を防ぐことができることが証明されています。
これらの変異は検査感度に影響しますか？
B.1.1.529系統にはS遺伝子内に欠失（△69-70）があるため、南アフリカではこの変異体を迅速に同定することができ、入手可能な配列データにかかわらず、この系統のモニタリングを継続することができます。しかし、Gauteng州の検査機関で100件以上の検体を検査した結果、N遺伝子やRdRp遺伝子を含む他のほとんどの標的には影響がなかったため、PCR検査全体の感度が影響を受けているとは考えられません。これらのPCR検査では、通常、少なくとも2種類のSARS-CoV-2ターゲットが検出されるが、これは、1つのターゲットに変異が生じた場合のバックアップとして機能しています。
B.1.1.529ウイルスのヌクレオカプシド（N遺伝子）の変異を分析した結果、迅速抗原検査には影響がないと考えられますが、この点については現在検証中です。
