kennyheadway's thinking

こちらは日々思うこと、COVID-19について思うこと述べていくことになりそうかな。

オミクロン変異株の症状は軽いと言われているけれど

現時点で報道されている内容では、風邪と似ているように思える。

www.yomiuri.co.jp

news.tbs.co.jp

news.tv-asahi.co.jp

jp.reuters.com

news.tv-asahi.co.jp

www.jiji.com

いくつか、見出しを読んだだけでも、重症化にはなっていないようである。ただし、ワクチンを接種しても感染する。デルタ変異株でもブレークスルー感染が認められたがオミクロン変異株についてもそういう傾向があるようだ。そうなるとワクチン接種自体が意味がなくなってしまう様にも受け止められる。ただしワクチンを接種していない人がオミクロン変異株に感染した場合はどうなるかはまだ報告されていないようだ。

もう一つ思うことは、風邪やインフルエンザのように寝ていて安静にしていれば治る(治らない場合ももちろんあるけれど)のだろうか。新型コロナウイルス感染症は症状によって風邪と類似していたり、肺炎を起こしてしまったりなど、様々のようで致死率も0.1~1%といわれている。

風邪と類似した症状とはいっても、国の感染症法で定められている感染症であるので、罹患してしまったときは拡散させないようにしないといけない。それにしてもまだ情報がそれほど多くなく、わかっていないことが多いので、これからもニュースをこまめにチェックしながら、今何が大事なのかを考えていきたいと思う。

オミクロン株のスパイク蛋白質の絵を探してみた

いつも見るFCI NYのクリップで、オミクロン株のスパイク蛋白質の模式図が掲載されていた。12秒付近の画像である。

www.youtube.com

 

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出典:Omicron vs. Delta: Comparing COVID’s most worrisome variants (East Bay Times)

この図は、以下のように説明されている(DeepL翻訳)。

COVID-19 デルタ株とオミクロン株

新しいオミクロン変異株は、猛威を振るったデルタ株よりも変異数が多い。科学者たちは、この突然変異がオミクロンの感染力や致死率を高めたり、ワクチン保護を回避する能力を高めたりするのではないかと心配している。しかし、オミクロンの突然変異がそのような影響を及ぼすという証拠はまだない。

 

デルタ: B.1.617.2
Deltaは、2020年後半に出現した攻撃的な変異株で、インドで最も一般的な変異株となりました。その後も世界中に広まり、現在は優勢なバリアントとなっています。

 

オミクロン:B.1.1.529
オミクロンは、コロナウイルスがヒトの細胞に付着する際に使用するスパイクタンパク質上の30以上の変異を含む、これまでに組み合わせて見られなかった約50の変異を持っています。

また次のような図もある。

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出典:Mutations in Omicron's spike protein may affect ability to detect and counter it: Kenneth Mak (The Straits Times)

この図はデルタ株とオミクロン株の変異のある領域をパーセンテージで色分けしたような図である。図を完全に正しく解釈していなくてこのようの述べてしまったが、色が暖色系になればなるほど変異している確率が高いことを示していると理解できると思う。まあこんなに多くの変異があって、本当に大変な変異株だと思ってしまう。ただし、図の右下にはこう書いてある。

変異の数が多いからといって、頭からその変異がより危険であるとは限りません。

人の受容体ACE2(アンジオテンシン変換酵素2)により接合する確率が高くなった(くっつきやすくなった)ことで感染力が増えたということはこれまでの報道での説明で分かってきたが、病状はどうなのかというのがまだまだ情報が少ない。

 

ところで、以下のニュースがある。

jp.reuters.com

まだわかっていないことが多くある中、感染しないように気を付けていこうという気持ちを持ち続けていくことが必要とされる。深刻に考えることなく、気持ちを楽にして、負けないぞという気持ちをもって、過ごしていこうと思う。

全国の新規感染者の状況 (2021/12/6)

毎週更新している新規感染者数は、わずかながらにプラスに転じた。今回から全国平均の数字を小数点第2位まで表示する。

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出典:NHK 特設サイト 新型コロナウイルス (2021/12/6)

群馬県では、この1週間人口10万人あたり4.63人とクラスター発生で数字が増えている。山形県も人口あたりにして3.90人とクラスター発生で数字が増えている。このクラスターはデルタ株だとは思うが、注意していてもクラスターが発生してしまうことはいつでもあり得ることだと思って注意していくことが必要だと認識される。

 

 

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出典:厚生労働省 都道府県の医療提供体制等の状況(医療提供体制等の負荷・感染の状況)(2021年12月3日更新)

療養者数については、減少傾向が認められるが、感染者数でプラスに転じた群馬県は先週より対人口10万人あたり0.8人増加、山形県は0.7人増加している。

 

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新規感染者数、死亡者数ともに長い時系列でみれば現時点では底のようである。

 

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重症者数も減少傾向で、12月4日現在で29名と少ない数になってきている。

 

最近は、新しい変異株でざわついてきているが、寒いシーズンが始まったことから感染者が増加する傾向と見ておいた方が良いと思う。

 

12月6日朝8時現在のNHKニュースの最新ニュースのヘッドラインの見出しは以下の通りである。

  • 東京都庁 元日早朝の展望室開放を取りやめに 感染拡大防止で 12月6日 6時22分
  • 臨時国会 きょう召集 衆議院選挙後初めての本格的な論戦の舞台 12月6日 4時22分
  • オミクロン株 日本を含め42の国と地域で確認(6日3:30時点) 12月6日 4時15分
  • 【国内感染】新型コロナ 新たに115人感染確認(5日18:30現在) 12月5日 19時28分

 

オミクロン株の拡大、臨時国会が始まるなど、今年の年末もコロナ禍であわただしいようである。オミクロン株はどういうものかがわかっていないため心配してしまうが、重症化については現時点では聞こえてこない。今週何かわかればすぐニュースになるとは思うが、情報をいろいろと集めることが必要である。

臨時国会が始まるが、18歳以下?の給付金でクーポンを発行する費用が1,000億円程かかるとのことである。費用がムダと思ってしまうが7割がたが給付金をプールしてしまって金回りが良くならず経済活性というわけにはいかないようである。所得税一律減税にすればいいじゃんと思っても低所得者層には恩恵がないからよろしくないとか、何を前提に置くかで考え方が変わってしまう。絶対にありえないことであるが(お叱りを受けるかもしれないが)、例えば3か月限定で消費税をすべて非課税にしますとか、今までにやらないことをやってみると世の中が変わってくるのではないのだろうか? モノを買う、サービスを受けるなど、これであれば消費税はだれもが少なからず負担するということを前提として述べてみたが、税金の負担を認識するうえでもいいかもしれない。でも絶対保守的な役所は嫌がると思う。コロナの話とは脱線してしまったが、関心があることの一つとして述べてみた。

 

オミクロン株について(南アフリカ共和国国立感染研究所)

今一度オミクロン株についておさらいしてみようと思う。南アフリカ共和国の国立感染研究所では、オミクロン株についてFAQを掲載している。

南アフリカにおけるB.1.1.529変異のあるSARS-COV-2の系統について
 (2021/11/26)

www.nicd.ac.za

DeepLでの翻訳は以下の通り:

南アフリカにおけるゲノミクス・サーベイランス・ネットワーク(NGS-SA、www.ngs-sa. org)は、国立感染症研究所(NICD)、クワズールー・ナタール大学(UKZN)のKRISP、ケープタウン大学(UCT)、ステレンボッシュ大学(SUN)、フリーステート大学(UFS)、プレトリア大学、ウィットウォーターズランド大学(WITS)、国立衛生研究所サービス(NHLS)などで構成されており、2020年3月からCOVID-19の原因ウイルスであるSARS-CoV-2の変化を監視しています。

B.1.1.529の系統とは?

2021年11月22日、南アフリカで「B.1.1.529系統」と名付けられた関連するSARS-CoV-2ウイルス群を検出しました。B.1.1.529はハウテン州で比較的高い頻度で検出されており、2021年11月14日~23日に採取された検体から配列決定されたゲノム(n =71)の70%以上がこの系統に属しています。この系統には、他のSARS-CoV-2の注目変異体(VOI)や懸念変異体(VOC)で以前に見られた変異が多く含まれていますが、その他にも新規の変異があります。これらの変異のうち1つは、S遺伝子を標的とした標準的な診断テストで検出できるため、南アフリカではシーケンスデータがなくてもこの系統の検出が可能です。

世界保健機関(WHO)と南アフリカ共和国国家保健省は、今週初めにこの系統について警告を受けました。NGS-SAでは、この系統の頻度を継続的に監視しており、これらの変異の機能的影響を評価するための実験室試験が進行中です。これまでのところ、このウイルスはWHOのVOCおよびVOIの基準を満たしていません。この点については、特にウイルスが普及してデータが蓄積されるにつれて再検討する予定です。

 C.1.2、Beta、Deltaの各変異体は、B.1.1.529系統とどのように違うのですか?

B.1.1.529系統は、C.1.2、Beta、Delta系統といくつかの共通する変異を持っていますが、さらにいくつかの追加変異も持っています。現時点では、B.1.1.529系統はC.1.2、Beta、Deltaとは相対的に異なる系統であり、異なる進化経路を辿っています。

B.1.1.529に感染すると、他の亜種と同じような症状が出ますか?

現在のところ、B.1.1.529に感染しても異常な症状は報告されておらず、他の変異株と同様に、無症状の人もいます。

どのような影響がありますか?これらの変異は、ワクチンの効果、病気の重症度、感染性に影響を与えるのでしょうか?

SARS-CoV-2は、他のウイルスと同様、時間とともに変化し、最近の感染では、ウイルスに何らかの利点をもたらす変異が選択されています。B.1.1.529系統の変異のいくつかは、懸念されている他のSARS-CoV-2の変異体や注目されている変異体でも生じていますが、我々はこの系統を理解するためにさらにデータを集める一方で、その影響については慎重になっています。

すでに実験室でB.1.1.529の免疫逃避の可能性を調べる作業が行われています。また、B.1.1.529による入院や転帰をリアルタイムでモニターするシステムを構築しています。B.1.1.529の変異に関する我々の理解によれば、部分的な免疫逃避の可能性はありますが、ワクチンによって入院や死亡を高いレベルで防ぐことができると考えられます。

ウイルスが拡散している場所では、今後も新たな変異体が出現することが予想されます。ワクチンの接種は、入院や死亡のリスクが高い地域の人々を保護し、医療システムへの負担を軽減し、感染を遅らせるために、引き続き重要です。そのため、国民の皆様には、引き続き警戒を怠らず、COVID-19プロトコルに従っていただきたいと思います。具体的には、共有スペースでは換気を良くし、マスク(鼻、口、あごを覆うもの)を着用し、他人から1.5m離れた場所にいること、手や表面を定期的に洗い、他人から1.5m離れた場所にいることなどです。これらの非医薬品的介入(NPI)は、すべてのSARS-CoV-2ウイルスの拡散を防ぐことができることが証明されています。

 

これらの変異は検査感度に影響しますか?

B.1.1.529系統にはS遺伝子内に欠失(△69-70)があるため、南アフリカではこの変異体を迅速に同定することができ、入手可能な配列データにかかわらず、この系統のモニタリングを継続することができます。しかし、Gauteng州の検査機関で100件以上の検体を検査した結果、N遺伝子やRdRp遺伝子を含む他のほとんどの標的には影響がなかったため、PCR検査全体の感度が影響を受けているとは考えられません。これらのPCR検査では、通常、少なくとも2種類のSARS-CoV-2ターゲットが検出されるが、これは、1つのターゲットに変異が生じた場合のバックアップとして機能しています。

B.1.1.529ウイルスのヌクレオカプシド(N遺伝子)の変異を分析した結果、迅速抗原検査には影響がないと考えられますが、この点については現在検証中です。

オミクロン株 南アフリカ共和国からわかること

オミクロン株について情報がそれほど多くない。何はともあれ一番最初に見つかった南アフリカ共和国の状況を知ることにより、何かがわかるのではないかと思い、いくつか調べてみた。

ニュースソースから以下の内容が気になった。

jp.reuters.com

jp.reuters.com

乳幼児のコロナ入院が目立つこと、再感染リスクが高いこと、この2つが気になった。

 

南アフリカ共和国の状況をデータで見てみる。まずはOur World in Dataから。

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出典:Our World in Data 南アフリカ共和国と世界の人口100万人当たりの新規感染者数と死亡者数

あえて日本との比較はしなかったが、気になったのが直近12月付近の新規感染者数の増え方である。この傾きは以前の山よりも急な感じがする。今年6月から始まった以前の波は昨年11月から始まった波と新規感染者数と死亡者数は大雑把に言えば同等のような感じである。細かく言えば波の幅が今年6月から始まった方が広い感じがする。新規感染者数と死亡者数の増え方を見るとワクチン接種率がそんなに高くないのかもしれない。つづいてワクチン接種率を見てみよう。

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出典:Our World in Data 南アフリカ共和国と世界の完全ワクチン接種率

世界平均では4割を超えた程度であるが、南アフリカ共和国は25%程度4人に1人という状況である。本年6月の波がその前の波と新規感染者数と死亡者数の増え方が同期していることはワクチン接種率がまだ一桁パーセントのことからもそうなんだとうなづける。

変異株については、レポートを毎週発行している。

www.nicd.ac.za

直近の12月1日の内容のハイライトは以下の通りであった。

  • 新しいB.1.1.529(21K)系統がバリアント・オブ・コンサーション・オミクロンに指定された
  • 南アフリカで最も早く検出されたのは:11月8日、Gauteng州
  • 11月のシーケンシングデータでは、オミクロンが74%(n=183/249)を占めています。他の州でのオミクロンの流行状況を調べるためにシーケンスが進行中です。
  • オミクロンは現在、世界19カ国で検出されています。
  • 詳細は https://www.nicd.ac.za/frequently-asked-questionsfor-the-b-1-1-529-mutated-sars-cov-2-lineage-in-south-africa/ をご覧ください。
  • 10月末まですべての州でデルタ型が優勢
  • Deltaサブ系統は州によって異なる
  • C.1.2系統は南アフリカのすべての州で検出され、1ヶ月あたりのゲノム数の4%未満の有病率を示した

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出典:SARS-CoV-2 Sequencing Update (1 December 2021)

上図のグラフは毎週ごとの変異株の種類と寄与率/数を示したものである。グラフの上では、赤色のオミクロン株 (21K)が急激に増えているが、グラフの下の数ではそれほど大きな数ではないことがわかる。ただ、これは遺伝子解析した数のようなので、実際の感染者数と関連があるかどうかは判断が難しい。先週末のニュースでは急に増え始めている感があったが、1週間すると数が減少していることから、これまた様子を見ていった方がよいようである。

 

 

オミクロン株の症状はどのように見積ろうか。デルタ株とくらべてなにかわかることがあるか?

オミクロン株は従来の株よりも感染力が高いといわれている。感染して症状がどうなのかという情報は限定的であり情報を見極めて判断する必要があると思われる。

いくつかのニュースソースでは、重い症状であるという話は聞こえてこない。

www.bbc.com

jp.reuters.com

ただ、これらの情報はタイトルだけではその真意は分かりかねる。患者の年齢層はどうなのか、感染が分かったのはどのレベルなのか、もっと踏み込んでいえばPCR検査のサイクル数はいくつなのかとか、知りたいことはいくつも出てくる。

 

どうも簡単に「軽症」なのかどうかは決めつけるのはよろしくないようである。

www.bloomberg.co.jp

この記事の中には以下3点言及されている。

  • 現在の感染者は若者や低リスクグループが中心だが、感染が拡大すれば状況が変わり得る
  • オミクロン感染者はまだ感染から日が浅いが、2週目以降に重篤な症状が出てくる可能性がある
  • ワクチン接種や過去の感染が現在の患者の重症化を防いでいる可能性があるが、こうした条件を満たさない人もいる

どれもその通りである。個人差があるわけで持っているリスクの度合いも人それぞれ異なる。したがって、軽症かもしれないが、情報が集まってこないとどういうものか判断できないのでしばらく様子を見ましょうということである。

 

 

デルタ株とくらべてどうなのか?

比較対象として理解しやすいことを考えれば、デルタ株と比べとどうなのかということである。

オミクロン対デルタ。突然変異の数が多ければより意地悪なCovid-19ウイルスになるとは限らない (2021/11/30, CNN)

edition.cnn.com

オミクロン変異株には50の変異があり、そのうち32はスパイクたんぱく質にある。スパイクたんぱく質とは、ウイルスの表面を覆う棍棒状の構造体で、ウイルスが人間の細胞に感染するために付着するのに使用される。
しかし、デルタ型には独自の恐るべき変異があり、これまでに見られたウイルスの中で最悪のバージョンとなっている。デルタウイルスは、例えばベータウイルスのように、ワクチンの効果を逃れることができるような突然変異を持つ、より心配なタイプのウイルスと入れ替わって、集団の中を駆け巡ります。

「これらの変化が全体として、このウイルスにとって重要なことにどのような影響を与えるかは、まだよくわかっていません」とギャリーは言う。
しかし、オミクロン・バージョンをデルタ・バージョンよりも感染力が強くなるような重要な変異はあまり見当たらないという。
「伝達性に影響を与えるようなものは、つまり、デルタに比べて本当に強いアドバンテージを与えるようなものは見当たりません」と彼は言います。
「それが大きな問題なんだ。デルタを持つ集団に入ったときに、競争に勝てるのか、勝てないのか、ということです」。
他の遺伝学の専門家も、オミクロンはデルタの伝染力を高めるのに役立ったいくつかの変化を持ち合わせていないと指摘しています。

この記事の一部を読むには、デルタ株ほど狂暴なものではないと言っている。

 

オミクロンとデルタ COVID-19変異株。もう一つのワクチンは必要か? (2021/12/1 Prevention)

www.prevention.com

オミクロンもデルタも、COVID-19の原因ウイルスであるオリジナルのSARS-CoV-2の亜種である。「このウイルスは、新しい人に感染するたびに、何百万回も増殖します。ヴァンダービルト大学医学部教授で、感染症の専門家であるウィリアム・シャフナー医学博士は、「このウイルスは、新しい人に感染するたびに、何百万回も増殖するので、突然変異する機会がある」と説明します。と説明しています。「このような突然変異が起こると、時折、変種が発生します」。

CDCによると、デルタ型はこれまでのCOVID-19型の2倍以上の感染力があり、ワクチンを接種していない人にはこれまでの型よりも重症化する可能性があるとのことです。

オミクロン変異株は、WHOによると「多数の変異」があり、以前にCOVID-19に感染したことのある人に再感染する可能性が高いと思われます。「これらの変異の多くは、ウイルスが体内の細胞に侵入して病気になるための重要な部分であるスパイクタンパクに関係しています」とシャフナー博士は言います。しかし、今のところ不明なのは、オミクロンがデルタと同程度の感染力を持つのか、あるいはデルタよりも感染力が強いのかということです。

感染力はオミクロン株がデルタ株より強いかどうかは不明のようである。現在のワクチンが有効かどうかについては次のように述べられている。

現在のCOVIDワクチンはオミクロンに対して有効なのか?
これも大きな疑問符です。ルッソ博士によれば、「オミクロンはベータ、ガンマと同じような変異を持っており、ワクチンに対してより抵抗性があります」。これは気になるところで、Moderna社のCEOがFinancial Timesに対して、既存のワクチンはオミクロンにはあまり効果がないかもしれないと予測したのもそのためかもしれないと言います。

Moderna社のCEOであるStéphane Bancel氏は、「Delta(の亜種)と同じレベルの効果が得られる世界はないと思います」と述べています。氏はまた、有効性が「著しく低下」すると予測しています。「データを待たなければならないので、どの程度かはわかりませんが」と彼は言います。しかし、私が話を聞いた科学者たちは皆、"これは良くないだろう "と言っています」と述べています。

免疫回避の特徴をもつ変異株と同じ変異がオミクロン株にあることからワクチンの有効性が低いと言っているようである。これもまだ情報が少ないため、今ははっきりとしたことが言えないようだ。

 

今書いていることが、明日は違ったことになるかもしれないが、ひとまず書き続けている。ここ2週間は情報をアップデートしながら、12月中旬になれば何らかのファクトが出てくると期待しつつ今日の内容は終わりにしたいと思う。

 

 

https://www.prevention.com/health/a38400888/omicron-vs-delta-covid-19-variant-comparison/

 

 

FCI NY (YouTube)から学べること (17) 感謝祭

パンデミック前に近い旅行者数 感謝祭の連休 (2021/11/29)

www.youtube.com

サンクスギビングデー(感謝祭)はアメリカにとってはとても大事な日である。日本でいえば年末年始に家族で集まって新年を迎える感じの日である。25年程前にボストンに2年在住していたことがあるが、この日をどう過ごしてよいのかわからず、暇な日を過ごしたと記憶している。お店はやっていない、街は静かでまさに家庭を大事にすることに気づかされる日ではないだろうか。一方アメリカの新年は元旦だけ休日で翌日からは仕事が始まる。2年の滞在であったが、感謝祭というのはどういったものかは英語の個人授業をしてくれた先生からも教えてくれたことが有難く思われた。

 

余談が長くなってしまったが、今年の感謝祭を見ると日本でいう帰省ラッシュと似ているところがある。こぞって人が大きく移動するのだから、相当なものである。しかも、コロナ渦中前の水準の旅行者とのことで、こうしたアクティビティーがあればコロナに打ち勝てそうかなという期待を持てたかもしれないが、オミクロン株の出現で今後はこうしたことがまた遠のいてしまうだろう。でもオミクロン株出現のニュースの前なので、昨年は家族で集まることもままならず日常でない大変な時期があったからこそ感慨深いと思う。このニュースクリップからは、旅行の移動の他、ブースター接種の話も紹介されている。冬の時期感染が拡大してくることを想定して接種開始されたようである。

日本でも、年末年始の帰省ラッシュがあるだろう。オミクロン株が仮に拡大することになれば、帰省は自粛しましょうというマインドが占めてくるかもしれない。日本でもブースター接種が医療従事者から始まると思うが、オミクロン株に対する効果は調査中とのことである。FCI NYはコロナに限らずアメリカの時事を簡潔に報道しているので、興味があればコンテンツを視聴することをお薦めします。

www.youtube.com