日本上陸オミクロン株。空気感染、市中感染に気を付けよう
『アウトブレイク』という映画もまた、死に至る感染症をテーマとした内容で、感染拡大が非常に素覚ましいものであることを思い出してしまう。
Nextstrainによると世界での変異株の優勢は緑色のデルタ株が占めていることがわかる。南米ではイオタ株、ラムダ株など橙系の色がある。南アフリカ共和国では赤色のオミクロン株が目立っている。
世界における変異株の寄与率を見てみると現時点では9割がたがデルタ株である。オミクロン株はまだ見つかったばかりで11月21日現在では1%も満たないが、今後の動向を注意してみよう。
昨日のニュースで、国内で感染者が見つかったとのことであるが、ナミビアの外交官とのことである。この方はワクチン接種はしているものの感染が確認されたことは、ワクチンでの免疫があっても感染することを言っているようなものだ。決してこの方が悪いわけではなく、このオミクロン株は伝搬性が非常に高いと認識した方が良いと思う。
そのため、同じ飛行機の搭乗者を全員濃厚接触者と認定し、感染拡大を防ごうとしている。PCR検査で陽性かどうかを調べるであろうが、ウイルスの増殖スピードは個人差があるから、検査したときは陰性でもあとから陽性になることだってあるのではないだろうか。大事を取るのであれば、2週間じっとしてくださいということかもしれないが、水際対策がしっかり機能するかどうかを見守っていきたい。
空気感染については、先日科学誌を翻訳した内容を掲載しているが、概略は以下の内容である。翻訳のすべては以下記事の下の方に5つに分けてリンクしてあるので、原文とあわせてみていただきたい。
市中感染を防ぐには、やはり密を避けることが賢明だと思う。マスクは飛沫は防ぐことができたとしても、ウイルスの粒子は不織布の網目よりも小さいので感嘆にスルーしてしまう。以下記事のマスク越しの呼気の流れを見てみるとウイルスをマスクで防ぐには力不足感が否めない。kennyheadway.hatenablog.com
市中感染は、新型コロナウイルス感染症に限ったことではない。インフルエンザが典型的な市中感染である。インフルエンザが流行するという話はこのオミクロン株で聞こえてこなくなってしまったが、何が起こるかわからない。12月の終わりになればどうなっていくのかが見えてくるだろう。12月にもなったことで、師走、忙しくなる時期だからこそ、感染の対策をできる限り行って2021年を締めくくっていきたいと思う。
オミクロン株でわかっていることは何か？
11月27日には6つの国が、11月30日にはすべての国から入国禁止措置というこれまでにないスピーディーな対策が行われている。南アフリカの新しい変異株に関する報告書は以下のサイトから見ることができる。
南アフリカ共和国の保健当局のポータルサイトにあるこのスライドの10ページ目に、変異株の割合を示したものがある。薄緑色のベータ株 (B.1.351)が2020年8月から増え始めている。濃茶色のアルファ株 (B.1.1.7)はそれほど多くは無いものの2021年2月からほんの少し見られる。茶赤色のデルタ株(B.1.617.2 / AY.X)は2021年2月から増え始め同年6月にはほとんど占有している。黄色のC.1.2は南アフリカで発見された新種の変異株であるが、それほど多くは増えていない状況である。
今回新たに発見された青色で示したオミクロン株 (B.1.1.529)は2021年11月から急に拡大している。ベータ株の薄緑色、デルタ株の茶赤色よりも増え方の傾きは非常に急であることがわかる。新しい変異株が感染力が従来よりも高ければ占有率が高くなる傾向からすれば、オミクロン株は今後それに代わってくる可能性は高いであろう。
基本再生産数はどの程度なのか
感染力の指標を示す基本再生産数R0があるが、これはデルタ株以上であることは間違いがないと思う。デルタ株はR0が5から9といわれていて水痘と同じという認識である.
オミクロン株はそれ以上ということであり、例えていうのであれば麻疹（はしか）に相当する、とはいうもののだれもR0の尺度で言っている人がいないが、デルタ株のように幅を持たせるのであれば、10から15の範囲に相当すると認識していた方がよいかもしれない。横軸は仮にそうだとしても縦軸がどのようになるのかはまだ情報が無いのが実情である。従来株およびデルタ株はだいたい0.1から1%と致死率を定めているがオミクロン株については感染してどうなるのかはまだはっきりとした情報が上がっていないようだ。
伝搬性は麻疹なみと述べたが、イギリスでは市中感染が認められたとの報道もある。渡航歴がなく観戦する原因として空気感染かということも視野に入れる必要がある。
変異している個所からどういうことがわかるか
国立感染研究所はオミクロン株についてすでに第2報を発表している。
変異については、以下のように述べている。
- オミクロン株は基準株と比較し、スパイクタンパク質に30か所のアミノ酸置換（以下、便宜的に「変異」と呼ぶ。）を有し、3か所の小欠損と1か所の挿入部位を持つ特徴がある。このうち15か所の変異は受容体結合部位（Receptor binding protein; RBD; residues 319-541）に存在する(ECDC. Threat Assessment Brief)。
- オミクロン株に共通するスパイクタンパク質の変異のうち、H655Y、N679K、P681HはS1/S2フリン開裂部位近傍の変異であり、細胞への侵入しやすさに関連する可能性がある。nsp6における105-107欠失はアルファ株、ベータ株、ガンマ株、ラムダ株にも存在する変異であり、免疫逃避に寄与する可能性や感染・伝播性を高める可能性がある。ヌクレオカプシドタンパク質におけるR203K、G204R変異はアルファ株、ガンマ株、ラムダ株にも存在し、感染・伝播性を高める可能性がある(Department Health, South Africa. SARS-CoV-2 Sequencing & New Variant Update 25）。
なかでもP681の変異はデルタ株でも見られた変異である。デルタ株はP681Rであるのに対して、オミクロン株はP681Hとなっている。S1/S2フリン開裂部位近傍は細胞への侵入しやすさの関連する可能性があるといわれているが、この変異がデルタ株は確か1つだけだと思うがそれが3つもあるということである。
受容体結合部位（RBD）はスパイクたんぱく質の319番から541番に相当するが、この番号に相当する変異は、K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505Hと報告されている。なんと11か所もRBDにあるということである。
RBDは受容体ACE2に結合するSARS-CoV-2の突起部分にあり、RBDが変化するということは、より受容体ACE2に結合しやすくなったり、抗体を寄せ付けなくなる（例えていえばステルス性を持って邪魔されずACE2にくっつくということ）確率が高くなることである。
この夏に散々悩まされたデルタ株は、子供にも感染しやすくなったことが知られている。子供はもともと受容体ACE2の数が大人よりも少ないと言われている。しかし感染するということは、それだけデルタ株の感染確率が高くなったということがいえる。であれば、このオミクロン株はより確立を上げてACE2にくっついて感染することが想像できる。デルタ株の体内のウイルス量は、従来の株よりも1,200倍もあるという話があったが、このオミクロン株はそれを上回ることも想定される。
N501Yはイギリス由来のアルファ株と同じであったり、K417N、T478Kはインド由来のデルタ株と同じである。E484Kは南アフリカのベータ株による免疫回避の代表格であるが、オミクロン株はE484Aとアミノ酸の変異が異なっている。こうした変異はヒトの受容体ACE2に結合しやすかったり、免疫を回避する傾向があるとされ厄介なところがある。デルタ株に見られるL452Rの変異はオミクロン株にはないようだ。
以上、感染しやすい傾向が強い理由を述べてきたが、それに対して病状はどうなのかは明らかになっていない。
上のグラフは東京都の新型コロナウイル対策サイトで、L452Rの変異の割合を濃い緑色で示したものである。それ以外の変異は薄い緑色であるが、現在もL452Rの変異のデルタ株の占有率が高い傾向にある。左側のスケールの0から100％で見る。
折れ線グラフは変異株PCR検査実施割合で割合は右側の0から60％のスケールで検査率は少なくなっている。こうした情報から、日本ではどういった変異株が優勢であるかを見ることができるかもしれない。これからオミクロン株の占有率が公表されると思うが、感染者数が少ない現状ではサンプル数からまだはっきりとはいえないであろう。
決して感染者数が多くなることを歓迎しているわけではないが、動向はいろいろな情報から分析できると思う。
ワクチンは効果があるのか
この疑問が一番関心があるところである。試験管レベルでの実験は現在すすめられているようである。スパイクたんぱく質のRBDに関する変異から免疫回避の傾向が強いようで、現在使用されているワクチンでは有効性は高くないかもしれない。
下図はNEJMの投稿にあった各種変異株の中和抗体の力価について説明である。Aはコロンビアにおける変異株の寄与率を表しているものであるが、ミュー株が大勢を占めている。Bは回復者血清の力価、Cはファイザー社製のワクチン接種者の中和抗体の力価を示しているようであるが、ベータ株、ミュー株は力価が他の株と比べて低いことが示されている。
パネルAは、コロンビアにおける2021年1月から8月までのコロナウイルス感染症2019（Covid-19）の新規症例を示しています。ミューの変異体は，2021年1月11日にコロンビアで初めて分離されました（Global Influenza Surveillance and Response System accession number, EPI_ISL_1220045）。黒い線は毎週の新規症例数を示し，色のついた棒は，症例中の重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）の各亜種の割合を示している．生データは補足資料の表S2にまとめられています。
パネルBおよびCは、ウイルス中和アッセイの結果を示す。中和アッセイは，α，β，γ，δ，ε，λ，μ亜型のSARS-CoV-2スパイクタンパクを保有する擬似ウイルス，またはD614G変異を保有するB.1系統のウイルス（親ウイルス）を用いて行った。血清サンプルは、Covid-19から回復した13人（パネルB）と、BNT162b2ワクチンを接種した14人（パネルC）から採取した。各血清サンプルのアッセイは、50％中和力を決定するために3回実施した。各データポイントは個々のサンプル（○）を表し，各サンプルで得られた指示されたシュードウイルスに対する50％中和価を示す。棒グラフの高さおよび棒グラフ上の数字は幾何平均力価を示し，𝙸棒グラフは95％信頼区間を示す。括弧内の数字は，親ウイルスと比較した場合の中和抵抗性の平均的な差を示す．横の破線は検出限界を示す。血清サンプルの回復期ドナー（性別、年齢、疾患の重症度、検査およびサンプリングの日付）およびワクチン接種ドナー（性別、年齢、2回目のワクチン接種およびサンプリングの日付）に関する生データおよび情報は、補足資料の表S6およびS7にまとめた。
ミュー株については、上図がだぶるが過去に述べていた。
オミクロン株においては、中和抗体の力価は低いとされるベータ株、ミュー株よりも低いことが予想される。ただし体内の免疫はワクチンでできる抗体（液性免疫）のほかにもT細胞とかの細胞性免疫などの働きもあるので、一概にワクチンが効き目がないという悲観的な思いに浸ることは無いと信じたい。
おそらく、現行のワクチンでは効果が低下している。このオミクロン株においてはワクチンに耐性を持ってしまった変異株と認識した方がいいのかもしれない。ワクチン製造メーカーのモデルナ社は新種を開発始めたというニュースがある。
モデルナ社はいくつかシナリオを考えているようだ。高容量にするか、mRNAの型を変えるか。このリリースを読むと、『モデルナ新型コロナワクチン（mRNA-1273）』と型式がmRNA-1273とある。そのあとの数字も含めて、mRNA-1273.211、mRNA-1273.213という型式のものがある。オミクロン株対応型は、mRNA-1273.529と、B.1.1.529の529を取っている。余談であるが、ワクチンの型式から現行型なのか新型なのかが特定できるかもしれない。
現時点では、情報をもっと集める必要がある
懸念される変異株とされたオミクロン株は現時点では情報が断片的で危険なものかどうかは判断ができない。ただし感染力はデルタ株よりも高いと見た方が良いと思う。病状については今後明らかになってくるだろう。海外の動向を見るのであれば、オミクロン株に限っては、南アフリカ共和国、イギリスをはじめとする欧州の国々、ワクチン接種が早い時期から行われてきたイスラエルなどを見ていくと何かがわかってくるのではないだろうか。日本においては、冬の時期、年末年始のことから市中感染が容易に発生しやすくなるかもしれない。10月、11月は穏やかだったが、新たな変異株で状況が変わってしまったが、これまでの経験から賢く行動していくことが臨まれる。
全国の新規感染者の状況 (2021/11/29)
新たな変異株が見つかったというニュースが先週末にあったが、それについてはまた後日思っていることを書いてみたいと思う。
先週表示した新規感染者数の日本地図は、平均の計算式が一部間違っていたので、以下に訂正する。こちらは、先週末のもの。
今回は、以下の通り。全都道府県が真っ白になった！
最大は北海道の1.50人／週。これが底になるのかどうか今後も見ていこう。
続きは、午後にでも追加して記載します。
↓
療養者数も減少傾向が認められる。全国的には減少傾向であるが、北海道は2.4人から3.3人に増えた。大阪府は3.3人から2.2人に減少、岡山県は4.5人から3.3人に減少した。
新規感染者数、死亡者数ともに低水準で推移している。
重傷者数は、ようやく50人を切った。
現時点では低い水準であるが、知人のお医者さんは『コロナは小康状態とはいえ、まだまだ気を許せない厳しい状況です』と言っている。新たな変異株『オミクロン株』については後日また述べてみたいと思う。
感染症専門医の忽那賢志先生の記事にいまわかっていることが述べられている。
変異株の1週間ごとの推移を示すグラフで、このオミクロン株が大勢に切り替わるまでには、デルタ株のそれよりも期間が短いように思える。感染の伝搬はものすごいものがあるように思える。病状がより深刻になるかどうかは、今後試験管レベルの実験等で明らかになってくると思う。30か所程度の変異があるとされているオミクロン株は、南アフリカ由来のベータ株とデルタ株がくっついた厄介な変異株のように思える。免疫回避とより重症化させる特性を持ち合わせているようだが、今後の情報はかなりのスピードでアップデートされるだろう。
穏やかな2か月間は終わり12月からは注意していかないといけない。
世界の動向からわかること (1)
日本国内は8月20日ころの感染ピークからみれば非常に落ち着いた状況で、第6波がいつ来るか備えているところではないかなと思っている。楽観的には来ないかもと思いつつも、世界の動向からみればいろいろな要因が重なって感染が拡大している現状から第6波はいずれ来るであろうと予想してしまう。
要因としては先日も述べたと思うが、
- ワクチンの効果が半年ほどすれば落ちてくる（抗体価が減少する）
- 冬の季節で寒くなり空気が乾燥する（ウイルスが空中に浮遊しやすくなる）
- 冬の季節で寒くなり窓をしなくなる（空気の入れ替えが不十分になる）
- 年末年始など人流、飲食が多くなり密の状況が生まれやすくなる
など他にも要因はあるのではないかと思う。このブログの情報源として利用するのは、NHKの新型コロナウイルスデータサイトであるが、最新のニュースも掲載されている。
本日の世界のニュースのヘッドラインは以下のとおりである。
- イギリス 新型コロナ感染者 欧州初の累計“1000万人”超 (11/26)
- EU 域内への渡航 原則ワクチン接種者に限定する方針 (11/26)
- イタリア ワクチン未接種者 来月からレストランなど利用禁止に (11/25)
- 米連邦政府職員 ワクチン義務化で90％以上が1回は接種 (11/25)
- ECDC“ワクチン追加接種 早期に検討すべき” 欧州感染急拡大で (11/25)
- 韓国 新型コロナ 23日の感染確認は初の4000人超 過去最多に (11/24)
- コンテナ不足 世界の物流混乱 国連“世界経済の回復に影響も” (11/23)
- ドイツ クリスマスマーケットの中止相次ぐ コロナ感染急拡大 (11/23)
- アメリカ「ロックダウン避けられる」追加接種などで 政府高官 (11/23)
見出しだけこうやって掲げるだけでも何かと状況がわかるものである。いかに短く簡潔に要点をまとめていることがわかる。最初の見出しだけ思うことを述べてみよう。
最初のイギリスの感染者が累計1,000万人を超えたというのは、イギリスの人口が6,722万人（2020年、Google）からすれば6人に1人が感染したということになる。累計なので、2回感染した人もいるかもしれない。日本では、11月25日現在172.6万人（NHKまとめ）とのことで、日本の人口12,530万人（総務省推計 2021/08）からすると72人に1人が感染したということで、桁が違っている。イギリスはコロナをなくすというよりも共生しようという考え方に変わっていて感染者数は減っていかない。
上のグラフは、イギリス（赤）と日本（青）の人口100万人当たりの新規感染者数と死亡者数である。イギリスは感染者数は減っていく傾向はみられない。昨年の波と比べて新規感染者数は同じ水準に近いかもしれない現状であるが、ワクチン接種の効果で死亡者数は相対的には多くなっていないという見方ができるかもしれない。今後はワクチン接種の効果が薄れてきたときにブースター接種を進めていくことになるであろう。
世界の動向を見て日本でこれから起こりうることを想定して、備えていきたいと思う。
療養者の推移 (2021/7/6 - 2021/11/19)
今回もまた、文章を書く時間がない（理由：お仕事で外に2日とも日帰りで外出）。8月中旬から始めたと思うが、その前の状態も知りたくて過去にさかのぼってつけてみた。予約投稿でご勘弁を。
FCI NY (YouTube)から学べること (16) 感染者増。NY家賃高
2つの話題を以下に記してみる。最初の話題はコロナの感染状況であるが、アメリカではことのほか感染者が増加しているようである。
米 追加接種対象18歳以上に拡大へ 冬で感染増加 (2021/11/20)
ワクチンが感染、重症化を抑え込むことはこれまでのとおりであるが、感染者が増え始めている。そして3回目の接種を始めようという動きになっているわけであるが、日本も同じような状況がそのうち来るとみていた方がよさそうだ。
下のグラフは2回ワクチン接種した割合を示すグラフであるが、アメリカは1月から始まったとしよう。日本は4月から始まったとみれば3か月の時間差がある。
接種し始めてから10か月経過したときに感染が増え始めているというストーリーを考えると、日本は来年の2月頃に感染が増え始めるということになる。来年の2月といわず年末年始の頃が怪しいと思っているのだが、いずれにせよ寒くなってきて、あるいはワクチンの効果が少なくなってきて感染が再び増え始めるということは容易に想像できてしまうが、どれだけの規模になるかは予想がつかない。ただこれだけ大変な目に遭ってきたわけなので、経験値はそれなりに上がっている。昨年と比べて感染力は大きいことを認識してご用心ご用心。
もう一つの話題は、ニューヨークが活気づいてきた。というのも人が戻ってきたとのことである。ただ家賃が高くなって住み続けるのが大変らしいとのことである。
ニューヨーク「パンデミックで空洞化」のその後 現在は？ (2021/11/18)
Studio （スタジオ）という名称で部屋を呼んでいるが日本でいうとワンルームである。余談であるが、1996年から1998年にボストンに仕事で在住したとき、当時は独り身だったので普通の1件屋ではなくアパートメントに住んでいた。アパートメントとは集合住宅という意味合いで、日本でいえばマンションという言葉が適しているかもしれない。住んでいた建物はボストンのダウンタウンにあるツインの38階建ての高層ビルであり、各階にStudio, 1 bed room, 2 bed room, 3 bedroom が階に応じで割り当てられていた。一人なので、Studioに住んでいた。呼び方はスタジオとは呼ばずステューディオと呼んでいた。Studioはリビングルームとダイニングルームを兼ねている空間である。
インタビューでは、ドイツ人が3ベットルーム（3つの寝室がある）で35％も値上げと言っている。1,000ドル程度の値上げということで、1か月の家賃は今まで3,000ドル程度が4,000ドル程度になるということなのだろうか。それにしても大幅な値上げである。住むところを変えようとしてもなかなかそれに見合う物件が見つからなってきているとのことで、住宅事情は本当に苦労がつきものであると思ってしまう。
テナントが入らなければ賃借料は下がり、テナントが入ってくると上がっていく。ある意味資本主義経済そのものであるのだけれど、これだけ乱高下するとジェットコースターのようで、日本の間隔とは相いれないものがある。国によって常識も異なるので、現実をそのまま受け止めて勉強するのが賢明である。
